Walternate pide ayuda a Peter para completar el dispositivo, mientras que los fugitivos Walter y Olivia se reunen con William Bell. Mientras tanto, la Fringe División del mundo alternativo se acerca a los invasores, y Peter tiene que tomar una decisión muy importante.
Para hacer frente a “su” William Bell, Walter y Olivia viajan a la Tierra alternativa para detener la colisión de los dos mundos … y la extinción de uno.
Mientras Peter y una sheriff local investigan asesinatos relacionados con Newton, Walter tiene miedo de ser enviado de vuelta a St. Claire, y alguien nuevo aparece desde otra Tierra.
Mientras Walter intenta digerir las nuevas malas noticias sobre Peter, le cuenta a la sobrina de Olivia, Ella, un cuento que incluye apariciones musicales de Olivia, Astrid y Broyles.
El asesinato de dos adolescentes por metamorfos pone al equipo en el trastro de Newton y su gente, un sendero que conduce a Massive Dynamic. Mientras tanto, Peter le comenta a Olivia sobre su familia, y Walter trata de recordar qué recuerdos Newton tomó de él.
Una misteriosa serie de muertes en un colectivo llevan al equipo Fringe a investigar a un hombre muy poderoso. Mientras tanto Peter nota que Walter está actuando sospechoso.
Mientras Olivia se esfuerza por mantener oculto el recién revelado el secreto de Walter a Peter, el equipo investiga una mujer inexplicablemente golpeada por una enfermedad mortal que nunca ha tenido.
Walter recuerda los acontecimientos de 1985 a Olivia, incluyendo cómo acabó Peter en la donde estás hoy y lo que pasó con la madre del niño, Elizabeth Bishop.
Cuando el único superviviente de un edificio destruido por un terremoto en el centro de Manhattan resulta ser de la otra Tierra, Walter lidera el equipo a Jacksonville, la fuente de un experimento relacionado que él y William habían realizado años atrás. Ahora sólo Olivia y los secretos de su pasado pueden evitar otra catástrofe.
Asesinos ocultos tienen como objetivo una boda, con una toxina que se dirige a personas concretas, y Walter descubre que el caso puede ser atado a una rama en el árbol de la familia Bishop.