La película comienza como acabó la anterior: Shao Kahn, al no poder conquistar la Tierra en el torneo a través de Shang Tsung y Goro, decide invadirla saltándose las normas de los dioses ancianos. Al comenzar la invasión, Shao Kahn mata a Johnny Cage y anuncia a Raiden que la fusión del Outworld con la Tierra se habrá completado en seis días. Tras escapar de los ninjas de Kahn, a los guerreros de la Tierra se les asigna una misión: Sonya debe encontrar a Jax, su compañero de las fuerzas especiales americanas; Liu Kang y Kitana han de buscar a Nightwolf, quien preparará a Liu Kang para el enfrentamiento con Kahn; mientras tanto, Raiden va al templo de los dioses ancianos para pedir explicaciones por su pasividad ante la invasión de Shao Kahn.