Dos años después de la batalla que mantuvieron los Autobots con los malvados Decepticons, Cybertron se ha convertido en un lugar peligroso para los Transformers, los cuales sobreviven como pueden en la Tierra. Mientras tanto, Sam se prepara para irse a la universidad y afianzar su compromiso con Mikaela. Los Autobots intentan llevar una vida normal, sin embargo, Theodore Galloway, un asesor para la seguridad del gobierno de los Estados Unidos, está convencido de que son una amenaza y comienza a hacer todo lo posible para expulsarlos de la Tierra. Sam, al mismo tiempo, comienza a tener extrañas visiones que parecen dirigirlo hacia el descubrimiento del motivo por el que los Transformers están en el planeta.